拆迁农民的自建住房 请问这是合法的吗?

如果你的房屋没有经过审批就擅自建设的,相关执法部门可以依法进行处理,包括罚款、强制拆除等行政处罚。这个与拆迁无关的,是有关法律赋予相关行政执法管理部门的行政执法权。你说的情况不够清楚,所以无法准确判断。